福建醫科大學口腔醫學院現設有口腔解剖及組織病理學、牙周病學、牙體牙髓病學、兒童口腔醫學、預防口腔醫學、口腔黏膜病學、口腔頜面外科學、口腔修復學、、口腔材料學、口腔正畸學、口腔人文與護理教研室等11個教研室，各教研室不僅承擔著口腔醫學專業三年制業余本科和全日制五年本科及研究生的各種理論、實踐教學任務，而且還承擔著臨床醫療、科研預防等任務。

一、口腔解剖及組織病理學教研室

教研室現有教師8名,其中醫學博士1人，博碩士生導師1名，高級職稱1名，中級職稱4名。

二、牙周病學教研室

教研室現有教師15名，其中醫學博士5名，碩士生導師2名,高級職稱8名, 中級職稱3名。

三、牙體牙髓病學教研室

教研室現有教師18名，其中醫學博士4名，博士生導師1名，高級職稱8名，中級職稱1名。

四、兒童口腔醫學教研室

教研室現有教師8名，其中醫學博士1名，碩士生導師1名，高級職稱3名，中級職稱2名。

五、預防口腔醫學教研室

教研室現有教師11名，其中醫學博士2名，博碩士生導師4名，高級職稱6名，中級職稱2名。

六、口腔黏膜病學教研室

教研室現有教師9名，其中高級職稱2名，中級職稱3名。

七、口腔頜面外科學教研室

教研室現有教師22名，其中醫學博士3名，博碩士生導師2名，高級職稱9名，中級職稱4名。

八、口腔修復學教研室

教研室現有教師20名，其中醫學博士2人，博碩士生導師2名，高級職稱9名，中級職稱5名。

九、口腔材料學教研室

教研室現有教師8名，其中醫學博士2人，高級職稱2名，中級職稱6名。

十、口腔正畸學教研室

教研室現有教師17名，其中醫學博士2人，碩士生導師3名，高級職稱7名，中級職稱6名。

十一、口腔人文與護理教研室

教研室現有教師11名，其中高級職稱3名，中級職稱8名。